[albert52]

Вставка.

Кластеризации путей развития РЖ

Выделяют три подтипа РЖ на основе кластеризации путей: иммунодепривированный (ImD), обогащенный стромой (StE) и иммунообогащенный (ImE). ImD показал низкую иммунную инфильтрацию, высокую активность репарации повреждений ДНК, высокий уровень анеуплоидии опухоли, высокую внутриопухолевую гетерогенность (ITH) и частые TP53 мутации. StE демонстрировал высокие стромальные сигнатуры, низкую активность репарации повреждений ДНК, стабильность генома, низкий уровень ITH и плохой прогноз. ImE имел сильную иммунную инфильтрацию, высокую активность репарации повреждений ДНК, высокую нагрузку опухолевых мутаций, преобладание микросателлитной нестабильности, частые мутации ARID1A , повышенную экспрессию PD-L1 и относительно благоприятный прогноз.

ImD сильно экспрессировал пути репарации повреждений ДНК и клеточного цикла, в то время как он слабо экспрессировал иммунные, стромальные и другие онкогенные (PI3K-Akt, Wnt и TGF-β) пути, а у StE все наоборот. ImE показал повышенную активность иммунных путей, путей восстановления повреждений ДНК и клеточного цикла и сниженную активность стромальных, PI3K-Akt, Wnt и сигнальных путей TGF-β.

Таргетные методы лечения РЖ, такие как нацеливание на HER2, EGFR, FGFR, KIT, c-Met, VEGFR и CLDN18.2, в настоящее время находятся на стадии изучения, хотя большинство таргетных методов лечения продемонстрировали умеренный эффект или резистентность к лекарствам. А иммунотерапия рака, такая как ингибиторы иммунных контрольных точек (ICI), достигла успеха в лечении различных рефрактерных опухолей, включая подтип MSI GC. Тем не менее, только часть больных раком показала благоприятный ответ на иммунотерапию. При этом «горячие» опухоли с высокой иммунной инфильтрацией часто демонстрируют более активный ответ на иммунотерапию, чем «холодные» опухоли с низкой иммунной инфильтрацией.
Отметим, что опухоли ImE, которые имели значительно более высокую частоту мутаций ARID1A, B2M, CASP8, CIC и RNF43, с большей вероятностью реагируют на ICI, чем другие подтипы. Дело в том, что ImE имеет наибольшую иммунную инфильтрацию и уровни экспрессии PD-L1, которые являются детерминантами, управляющими ответом на ICI.

Дефицит репарации несоответствия ответственен за MSI, тип мелкомасштабной геномной нестабильности, обнаруживаемой примерно в 20% GCs. Система репарации несоответствий (MMR - mismatch repair) поддерживает стабильность генома путем исправления неправильных пар оснований, образующихся во время репликации ДНК. Ее функция заключается в устранении ошибок репликации ДНК, возникающих при делении клеток, в ситуациях, когда во время построения новой нити происходит ошибочная вставка некомплиментарного нуклеотида (например, вместо гуанина к цитозину встраивается тимин), в результате чего возникает несоответствие (mismatch).
Система MMR включает в себя белки MSH2 и MSH6, формирующие первый гетеродимер, отвечающий за поиск ошибок в ДНК, а также белки MLH1 и PMS2, составляющие второй гетеродимер, который в месте обнаруженной ошибки комплексом MS2/MSH6 присоединяется к нему. В результате этого происходит активация экзонуклеазы, которая вырезает участок с ошибкой. Далее ДНК-полимераза правильно достраивает эту нить ДНК. Молекулярные нарушения в функционировании хотя бы одного из белков MMR, а также в гене EPCAM (делеция 3´- конца которого вызывает эпигенетическое гиперметилирование промотора гена MSH2), приводит к прекращению работы всей системы.

Напротив, дефицит гомологичной рекомбинации ответственен за CIN, тип крупномасштабной нестабильности генома, проявляющийся примерно в 50% GCs. Гомологи́чная рекомбина́ция, или о́бщая рекомбина́ция, — тип генетической рекомбинации, во время которой происходит обмен нуклеотидными последовательностями между двумя похожими или идентичными хромосомами. Это наиболее широко используемый клетками способ устранения двух- или однонитевых повреждений ДНК.
Разрыв двух нитей ДНК приводит к тому, что 5'-концы непосредственно рядом с повреждением удаляются. Следующий шаг заключается во внедрении или инвазии 3'-конца повреждённой цепи в другую, целую ДНК, используемую в качестве матрицы. Дальнейшая последовательность событий может идти двумя путями (описанными ниже), известными как DSBR или SDSA. Гомологическая рекомбинация, происходящая во время репарации ДНК, как правило, приводит к восстановлению молекулы в том же виде, в котором та находилась до повреждения.

Эффективность репарации ДНК падает со снижением скорости гомологической рекомбинации, что также может привести к раку, например, в случае BRCA1 и BRCA2[en] — двух похожих опухолевых супрессоров, чья неисправность связана с значительно повышенной вероятностью возникновения рака груди и яичников.

Иммунная цитолитическая активность представляет собой способность цитотоксических Т-клеток и естественных клеток-киллеров уничтожать опухолевые клетки, что соответствует среднему уровню экспрессии двух маркерных генов ( GZMA и PRF1 ) в опухоли. Три подтипа GC имели значительно разные иммунные оценки: ImD <StE <ImE во всех трех наборах данных. Уровни экспрессии большинства генов человеческого лейкоцитарного антигена (HLA) показали закономерность: ImD <StE <ImE. Иммуноцитолитическая активность была наибольшей при ImE и наименьшей при ImD. Эти данные подтвердили, что ImE и ImD имели самый высокий и самый низкий противоопухолевый иммунитет соответственно.

У StE была значительно более высокая доля покоящихся Т-клеток памяти CD4, покоящихся тучных клеток и иммуноингибирующих макрофагов M2, но более низкая доля активированных Т-клеток памяти CD4 и иммуностимулирующих макрофагов M1, чем у ImE. Более того, при СтЭ доля покоящихся тучных клеток и макрофагов М2 была значительно выше, а доля активированных тучных клеток ниже, чем при ImD. Это показывает, что StE, вероятно, будет демонстрировать более сильные иммуносупрессивные сигнатуры, чем другие подтипы.

Уровни экспрессии 194 сигнатур стромальных генов между тремя подтипами GC показали, что большинство из них были более выражены в StE, чем ImD и ImE. Напротив, чистота опухоли (% опухолевых клеток) демонстрировала противоположную тенденцию: ImD > ImE > StE, что указывает на то, что ImD и StE имели самую высокую и самую низкую чистоту опухоли соответственно. Впрочем, ассоциации подтипов GC с иммунными и стромальными сигнатурами не зависят от чистоты опухоли.